澳大利亚印尼一直有矛盾是怎么回事？
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你这个问题其实提的也是不对的，澳大利亚与印尼是没有海域纠纷的，事实上是澳大利亚与2002年从印尼独立出去的东帝汶共和国之间存在海域纠纷，故事比较长但是也比较有趣，上车我们开始起飞！
（右边部分为东帝汶）
让我们把时间拉到1975年，当时属于葡萄牙殖民地的东帝汶举行了决定独立与否的全民公投，结果导致国内三方势力发生内战，而觊觎东帝汶多时的印尼乘乱派兵举行了血腥镇压并占领了东帝汶，宣布东帝汶为自己的第27个省，在这一过程中，澳大利亚积极为印尼提供各种军事情报并在政治上给予巨大支持，保证了印尼军队的行动顺利。为了“报答”澳大利亚人，在久悬未决的东帝汶与澳大利亚海域划界问题上，印尼人给了澳大利亚许多甜头，由此就诞生了一个“卖国”的《帝汶海沟合作条约》，具体条约如下图：
↑↑这张图很重要，请务必仔细观看以下说明！
图中紫色线为两国海洋中线，符合海洋法划分规定，而在实际划定中，两国以更加靠近东帝汶的蓝色线作为最终分界线，也就是说在这次海域划分中，澳大利亚人得了大便宜。当然了，基于各种利益买卖和暗中交易，两国为此还成立一个所谓的共同开发区，就是图中的黄色区域，其中C区油气收益九成归印尼，A区双方五五开，B区九成归澳大利亚。
让我们把时间继续往前推，2002年，持续抗争的东帝汶人民终于在国际社会的帮助下摆脱印尼的血腥统治，迎来了独立，于是帝汶海的划分问题成为了东帝汶政府的头等大事，因为这片地区的油气开采是一穷二白的东帝汶唯一可以依赖的财政收入。旧时印尼与澳大利亚签署的条约当然就作废了，于是东帝汶和澳国展开了激烈的谈判，由于担心自己已有的权益丧失，澳大利亚无所不用其极，为了避免国际干扰，在东帝汶独立前夕就悄悄退出了联合国海洋公约组织，而且以断绝人道主义援助作为威胁，甚至向东帝汶政府机构派出了间谍，监听东帝汶内阁会议内容！这让当时的东帝汶十分的恼火，但是作为小国却又无可奈何，当时联合国驻东帝汶事务代表得知此事后，怒火中烧，准备将澳大利亚告上国际法庭，这时的澳国才做出了一些让步，将原先五五开的A区域中的九成收益让给东帝汶，并声称自己是一个负责和民主的大国，呵呵哒，这本来就是人家的好不好？两国最终在2006年签订了《帝汶海特定海上安排条约》。
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澳大利亚与印尼虽然在陆地上不相邻，但却是实打实的邻居，因为两国共有同一片海域。
实际上，澳大利亚与印尼之间的海洋划界问题，已经僵持了数十年之久，而两国海洋纠纷的重点就是帝汶海与阿拉弗拉海，尤其是帝汶海的帝汶海海峡部分。
帝汶海是印尼与澳大利亚之间的一片海域，早在二战结束后，印尼与澳大利亚之间就因为帝汶海的划分存在着纠纷。
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其原理基本上跟中日东海划分问题类似，关于海洋中线划分法与大陆架延伸划分法之间的争议
澳大利亚与印尼的海域纠纷，主要是指蒂汶海划分问题，这一段因为蒂汶海沟，导致双方在划分上出现巨大争议，先看一下蒂汶海的地图。因为印度尼西亚本身就是印度板块与欧亚板块挤压抬升形成的，所以两大板块交界处距离印度尼西亚距离非常近，图中草绿色粗线就是两大板块挤压的蒂汶海沟，距离蒂汶岛非常近，而红线则是印度板块的大陆架延伸区域。
印度尼西亚与澳大利亚在1971~1974年间，曾签署一系列协议，就两国海上专属经济区进行划分，在1975年印度占领并吞并东帝汶之后，又进行补充。当时印尼力量比较弱小，又是苏哈托执政国内矛盾激烈，再加上国际海域划分倾向于大陆架延伸法。所以印尼在蒂汶海划分上接受了大陆架延伸法划分，在双方共有的阿拉弗拉海以海洋中线划分法进行海域划分。之前印度尼西亚与澳大利亚商议的海域划分大致边界
但是，由于国际社会不认同印度尼西亚对东帝汶的占领，1991年东帝汶的原属国葡萄牙上述国际法院，并最终裁定澳大利亚与印度尼西亚间关于东帝汶段海域划分条约无效。到2002年东帝汶最终获得独立，双方在2007年最终签署新的条约，其核心在于在双方大陆架延伸线与海洋中线之间区域，设置一块共享区域作为补偿（澳大利亚那边还是约瑟夫海湾，以大陆架划分实在是便宜太大）。这块区域属于双方共同开发，开发收益90%归东帝汶，10%归澳大利亚，但海洋石油开发权归澳大利亚所有。澳大利亚与东帝汶关于蒂汶缺口最终商定的补偿协议，中间设置双方共同开发区域。
这一协议作为参考，明显让印度尼西亚觉得自己亏大了，特别是之间大陆架区域，先后发现大日出海上油气田等资源。于是本来印度尼西亚与澳大利亚在1997年期间，签署了一个珀斯条约，以现有划分标准继续划分双方印度洋段专属经济区重叠部分的，印度尼西亚进行议会否决，拒绝执行。原有划分协议和条约最早将在2021年到期后，不计划续约，由此将为双方将来争议埋下伏笔和炸弹。
同样，中日东海划界争端，也是这个道理，中国主张以大陆架延伸法划分，以冲绳海槽作为划界线。日方主张海洋中线划分法也是同理，再加上中间的岛屿争端问题。东亚、东南亚地区海域争端可以说是世界上最集中地区。